Non esistono malattie che favoriscono l’insorgenza della celiachia. Ci sono, però, alcune di esse che ne risultano associate: è il caso del diabete di tipo I (che ha la stessa predisposizione genetica della celiachia), della tiroidite di Hashimoto, della colangite sclerosante (un disturbo dei dotti biliari) e delle epatiti autoimmuni.

È importante sottolineare che non è la celiachia a innescarle né tanto meno è vero il contrario: semplicemente è più frequente diagnosticare queste malattie in chi è anche celiaco. Nel protocollo per il follow-up del diabete di tipo I, per esempio, è previsto il dosaggio periodico degli anticorpi specifici per la celiachia.